Sùng Tuấn Thiên hoàng là con thứ 12 của Khâm Minh Thiên hoàng. Mẹ ông là Tiểu Tỉ quân (小姉君, おあねのきみ), con gái của Soga no Iname, trưởng tộc của gia tộc Soga.

Ông có một Hoàng hậu và 3 người con; 2 hoàng tử và 1 hoàng nữ[4].

• Hoàng hậu: Đại Bạn Tiểu Thủ Tử (大伴小手子)[5] hay còn được gọi là Tiểu Thủ Cơ (小手姫, Otehime)[6], là con gái của Otomo no Murajinukate (大伴糠手子, おおとものむらじぬかて).
  • Hoàng tử Hachiko (蜂子皇子, はちこのおうじ).
  • Công chúa Nishikite, Cẩm Đại hoàng nữ (錦代皇女, にしきてのひめみこ).
• Phi: Hà Thượng Nương (河上娘, かわかみのいらつめ), con gái của Soga no Umako.
• Phu nhân: Bố Đô Cơ (布都姫, ふつひめ), em gái của Mononobe no Moriya.
• Mẹ không rõ:
  • Hoàng tử Sadayo no Shinno (定世親王, さだよのしんのう).